Carsten Wiuf
Professor
Institut for Matematiske Fag
Universitetsparken 5
2100 København Ø
A Beta-mixture model for dimensionality reduction, sample classification and analysis
Laurila, K., Oster, B., Andersen, C. L., Lamy, P., Orntoft, T., Yli-Harja, O. & Wiuf, Carsten, 27 maj 2011, I: BMC Bioinformatics. 12, 215.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A Hidden Markov Model to estimate population mixture and allelic copy-numbers in cancers using Affymetrix SNP arrays
Lamy, P., Andersen, C. L., Dyrskjot, L., Torring, N. & Wiuf, Carsten, 9 nov. 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, 434.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A Markov chain approach to randomly grown graphs
Knudsen, M. & Wiuf, Carsten, 9 jul. 2008, I: Journal of Applied Mathematics. 2008, 190836.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Reaction Network Scheme Which Implements Inference and Learning for Hidden Markov Models
Singh, A., Wiuf, Carsten, Behera, A. & Gopalkrishnan, M., 2019, DNA Computing and Molecular Programming - 25th International Conference, DNA 25, Proceedings. Liu, Y. & Thachuk, C. (red.). Springer, s. 54-79 26 s. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Bind 11648 LNCS).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A bimodular mechanism of calcium control in eukaryotes
Tidow, H., Poulsen, L. R., Andreeva, A., Knudsen, M., Hein, K. L., Wiuf, Carsten, Palmgren, Michael & Nissen, P., 2012, I: Nature. 491, 7424, s. 468–472 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
A coalescence approach to gene conversion
Wiuf, Carsten, 1 jan. 2000, I: Theoretical Population Biology. 57, 4, s. 357-367 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A coalescent model of recombination hotspots
Wiuf, Carsten & Posada, D., 1 maj 2003, I: Genetics. 164, 1, s. 407-417 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A codon-based model designed to describe lentiviral evolution
Pedersen, A. M. K., Wiuf, Carsten & Christiansen, F. B., 1 jan. 1998, I: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION . 15, 8, s. 1069-1081 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A computational method to preclude multistationarity in networks of interacting species
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2013, I: Bioinformatics. 29, 18, s. 2327-2334Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A likelihood approach to analysis of network data
Wiuf, Carsten, Brameier, M., Hagberg, O. & Stumpf, M. P. H., 16 maj 2006, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103, 20, s. 7566-7570 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A periodic pattern of SNPs in the human genome
Madsen, B. E., Villesen, P. & Wiuf, Carsten, 1 okt. 2007, I: Genome Research. 17, 10, s. 1414-1419 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A proof of unlimited multistability for phosphorylation cycles
Feliu, Elisenda, Rendall, A. D. & Wiuf, Carsten, 2020, I: Nonlinearity. 33, s. 5629–5658Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A reaction network scheme for hidden Markov model parameter learning
Wiuf, Carsten, Behera, A., Singh, A. & Gopalkrishnan, M., 2023, I: Journal of the Royal Society Interface. 20, 203, 20220877.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A review of software for microarray genotyping
Lamy, P., Grove, J. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2011, I: Human Genomics. 5, 4, s. 304-309 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
A simulation study of the reliability of recombination detection methods
Wiuf, Carsten, Christensen, T. & Hein, J., 1 jan. 2001, I: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION . 18, 10, s. 1929-1939 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Ab initio identification of human microRNAs based on structure motifs
Brameier, M. & Wiuf, Carsten, 18 dec. 2007, I: BMC Bioinformatics. 8, 478.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Addition of flow reactions preserving multistationarity and bistability
Cappelletti, D., Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2020, I: Mathematical Biosciences. 320, 8 s., 108295.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Algebraic Statistics and Methods in Systems Biology
Wiuf, Carsten, 12 sep. 2011, Handbook of Statistical Systems Biology. Wiley, s. 114-132 19 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An algebraic approach to signaling cascades with N layers
Feliu, Elisenda, Knudsen, M., Andersen, L. N. & Wiuf, Carsten, 2012, I: Bulletin of Mathematical Biology. 74, 1, s. 45-72 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
An algebro-topological description of protein domain structure
Penner, R. C., Knudsen, M., Wiuf, Carsten & Andersen, J. E., 27 maj 2011, I: PLoS ONE. 6, 5, e19670.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Are microRNAs located in genomic regions associated with cancer?
Lamy, P., Andersen, C. L., Dyrskjøt, L., Tørring, N., Ørntoft, T. & Wiuf, Carsten, 20 nov. 2006, I: British Journal of Cancer. 95, 10, s. 1415-1418 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Association between genetic variation in a region on chromosome 11 and schizophrenia in large samples from Europe
Rietschel, M., Mattheisen, M., Degenhardt, F., Kahn, R. S., Linszen, D. H., Os, J. V., Wiersma, D., Bruggeman, R., Cahn, W., de Haan, L., Krabbendam, L., Myin-Germeys, I., Mühleisen, T. W., Kirsch, P., Esslinger, C., Herms, S., Demontis, D., Steffens, M., Strohmaier, J., Haenisch, B. & 82 flere, , 2012, I: Molecular Psychiatry. 17, 9, s. 906-917 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Binomial subsampling
Wiuf, Carsten & Stumpf, M. P. H., 1 jan. 2006, I: Proceedings of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences. 462, 2068, s. 1181-1195 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Bioinformatic identification of FGF, p38-MAPK, and calcium signalling pathways associated with carcinoma in situ in the urinary bladder
Herbsleb, M., Christensen, O. F., Thykjaer, T., Wiuf, Carsten, Borre, M., Ørntoft, T. F. & Dyrskjøt, L., 31 jan. 2008, I: BMC Cancer. 8, 37.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Bounded coordinate-descent for biological sequence classification in high dimensional predictor space
Ifrim, G. & Wiuf, Carsten, 16 sep. 2011, Proceedings of the 17th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, KDD'11. s. 708-716 9 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cellular compartments cause multistability and allow cells to process more information
Harrington, H. A., Feliu, Elisenda, Wiuf, Carsten & Stumpf, M. P. H., 16 apr. 2013, I: Biophysical Journal. 104, 8, s. 1824-1831 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Challenges in microbial ecology: building predictive understanding of community function and dynamics
Widder, S., Allen, R. J., Pfeiffer, T., Curtis, T. P., Wiuf, C. H., Sloan, W. T., Cordero, O. X., Brown, S. P., Momeni, B., Shou, W., Kettle, H., Flint, H. J., Haas, A. F., Laroche, B., Kreft, J-U., Rainey, P. B., Freilich, S., Schuster, S., Milferstedt, K., van der Meer, J. R. & 10 flere, , 2016, I: I S M E Journal. 10, 11, s. 2557-2568 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Chromosomal imbalance in the progression of high-risk non-muscle invasive bladder cancer
Zieger, K., Wiuf, Carsten, Jensen, K. M. E., Ørntoft, T. & Dyrskjøt, L., 16 maj 2009, I: BMC Cancer. 9, 149.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Clonal evolution in t(14;18)-positive follicular lymphoma, evidence for multiple common pathways, and frequent parallel clonal evolution
D'Amore, F., Chan, E., Iqbal, J., Geng, H., Young, K., Xiao, L., Hess, M. M., Sanger, W. G., Smith, L., Wiuf, Carsten, Hagberg, O., Fu, K., Chan, W. C. & Dave, B. J., 15 nov. 2008, I: Clinical Cancer Research. 14, 22, s. 7180-7187 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Co-clustering and visualization of gene expression data and gene ontology terms for Saccharomyces cerevisiae using self-organizing maps
Brameier, M. & Wiuf, Carsten, 1 apr. 2007, I: Journal of Biomedical Informatics. 40, 2, s. 160-173 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Coalescent models derived from birth–death processes
Crespo, F. F., Posada, D. & Wiuf, Carsten, 2021, I: Theoretical Population Biology. 142, s. 1-11Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Comprehensive genome methylation analysis in bladder cancer: Identification and validation of novel methylated genes and application of these as urinary tumor markers
Reinert, T., Modin, C., Castano, F. M., Lamy, P., Wojdacz, T. K., Hansen, L. L., Wiuf, Carsten, Borre, M., Dyrskjøt, L. & Ørntoft, T. F., 1 sep. 2011, I: Clinical Cancer Research. 17, 17, s. 5582-5592 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Conditional genealogies and the age of a neutral mutant
Wiuf, Carsten & Donnelly, P., 1 jan. 1999, I: Theoretical Population Biology. 56, 2, s. 183-201 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Conflicting results in SNP genotype assessment
Hansen, L. L., Madsen, B. E., Pedersen, K. & Wiuf, Carsten, 1 dec. 2007, I: BioTechniques. 43, 6, s. 756-762 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conservation Laws in Biochemical Reaction Networks
Mahdi, A., Ferragut, A., Valls, C. & Wiuf, Carsten, 2017, I: S I A M Journal on Applied Dynamical Systems. 16, 4, s. 2213-2232Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Consistency of estimators of population scaled parameters using composite likelihood
Wiuf, Carsten, 1 nov. 2006, I: Journal of Mathematical Biology. 53, 5, s. 821-841 21 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Convergence properties of the degree distribution of some growing network models
Hagberg, O. & Wiuf, Carsten, 1 aug. 2006, I: Bulletin of Mathematical Biology. 68, 6, s. 1275-1291 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Core signalling motif displaying multistability through multi-state enzymes
Feng, S., Saez Cornellana, M., Wiuf, Carsten, Feliu, Elisenda & Soyer, O. S., okt. 2016, I: Journal of the Royal Society. Interface. 13, 123, 20160524.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Critical Parameters for Singular Perturbation Reductions of Chemical Reaction Networks
Feliu, Elisenda, Walcher, S. & Wiuf, Carsten, dec. 2022, I: Journal of Nonlinear Science. 32, 6, 41 s., 83.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Development of a hypoxia gene expression classifier with predictive impact for hypoxic modification of radiotherapy in head and neck cancer
Toustrup, K., Sørensen, B. S., Nordsmark, M., Busk, M., Wiuf, Carsten, Alsner, J. & Overgaard, J., 1 sep. 2011, I: Cancer Research. 71, 17, s. 5923-5931 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Do ΔF508 heterozygotes have a selective advantage?
Wiuf, Carsten, 29 aug. 2001, I: Genetical Research. 78, 1, s. 41-47 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Elimination of intermediate species in multiscale stochastic reaction networks
Cappelletti, D. & Wiuf, Carsten, 1 okt. 2016, I: Annals of Applied Probability. 26, 5, s. 2915-2958 44 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enzyme-sharing as a cause of multi-stationarity in signalling systems
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2012, I: Journal of the Royal Society. Interface. 9, 71, s. 1224-1232 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimating admixture pedigrees of recent hybrids without a contiguous reference genome
Garcia Erill, Genís, Hanghøj, Kristian Ebbesen, Heller, Rasmus, Wiuf, Carsten & Albrechtsen, Anders, 2023, I: Molecular Ecology Resources. 23, 7, s. 1604-1619 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimating the size of the human interactome
Stumpf, M. P. H., Thorne, T., De Silva, E., Stewart, R., Hyeong, J. A., Lappe, M. & Wiuf, Carsten, 13 maj 2008, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105, 19, s. 6959-6964 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimation of site frequency spectra from low-coverage sequencing data using stochastic EM reduces overfitting, runtime, and memory usage
Rasmussen, Malthe Sebro, Garcia Erill, Genís, Korneliussen, Thorfinn Sand, Wiuf, Carsten & Albrechtsen, Anders, 2022, I: Genetics. 222, 4, 15 s., iyac148.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimation of the covariance structure from SNP allele frequencies
van Waaij, J., Li, Z. & Wiuf, Carsten, 2022, I: Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. 21, 1, 20 s., 20220005.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Estimation of tumor heterogeneity using CGH array data
Wang, K., Li, J., Li, S., Bolund, L. & Wiuf, Carsten, 9 jan. 2009, I: BMC Bioinformatics. 10, 12.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evaluation of population structure inferred by principal component analysis or the admixture model
Van Waaij, J., Li, Song, Garcia Erill, Genís, Albrechtsen, Anders & Wiuf, Carsten, 2023, I: Genetics. 225, 2, 14 s., iyad157.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Evolution at the system level: the natural history of protein interaction networks
Stumpf, M. P. H., Kelly, W. P., Thorne, T. & Wiuf, Carsten, 1 jul. 2007, I: Trends in Ecology and Evolution. 22, 7, s. 366-373 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
ID: 36080139
Flest downloads
-
1287
downloads
Large scale identification and categorization of protein sequences using structured logistic regression
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
292
downloads
Graphical reduction of reaction networks by linear elimination of species
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
258
downloads
Identifying parameter regions for multistationarity
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet