Carsten Wiuf
Professor
Institut for Matematiske Fag
Universitetsparken 5
2100 København Ø
- 2024
- Udgivet
Maximum likelihood estimation and natural pairwise estimating equations are identical for three sequences and a symmetric 2-state substitution model
Hobolth, A. & Wiuf, Carsten, 2024, I: Theoretical Population Biology. 156, s. 1-4Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The asymptotic tails of limit distributions of continuous-time Markov chains
Xu, C., Hansen, M. C. & Wiuf, Carsten, 2024, I: Advances in Applied Probability. 56, 2, s. 693–734Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
A reaction network scheme for hidden Markov model parameter learning
Wiuf, Carsten, Behera, A., Singh, A. & Gopalkrishnan, M., 2023, I: Journal of the Royal Society Interface. 20, 203, 20220877.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimating admixture pedigrees of recent hybrids without a contiguous reference genome
Garcia Erill, Genís, Hanghøj, Kristian Ebbesen, Heller, Rasmus, Wiuf, Carsten & Albrechtsen, Anders, 2023, I: Molecular Ecology Resources. 23, 7, s. 1604-1619 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evaluation of population structure inferred by principal component analysis or the admixture model
Van Waaij, J., Li, Song, Garcia Erill, Genís, Albrechtsen, Anders & Wiuf, Carsten, 2023, I: Genetics. 225, 2, 14 s., iyad157.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Full classification of dynamics for one-dimensional continuous-Time Markov chains with polynomial transition rates
Xu, C., Hansen, M. C. & Wiuf, Carsten, 2023, I: Advances in Applied Probability. 55, 1, s. 321-355Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
On the sum of chemical reactions
Hoessly, Linard David, Wiuf, Carsten & Xia, P., 2023, I: European Journal of Applied Mathematics. 34, 2, s. 303-325 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Parchment Glutamine Index (PQI): A novel method to estimate glutamine deamidation levels in parchment collagen obtained from low-quality MALDI-TOF data
Anila Bhuvanendran Nair, Bharath, Palomo, I. R., Markussen, Bo, Wiuf, Carsten, Fiddyment, S. & Collins, Matthew James, 2023, I: Peer Community Journal. 3, 18 s., e10.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Critical Parameters for Singular Perturbation Reductions of Chemical Reaction Networks
Feliu, Elisenda, Walcher, S. & Wiuf, Carsten, dec. 2022, I: Journal of Nonlinear Science. 32, 6, 41 s., 83.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimation of site frequency spectra from low-coverage sequencing data using stochastic EM reduces overfitting, runtime, and memory usage
Rasmussen, Malthe Sebro, Garcia Erill, Genís, Korneliussen, Thorfinn Sand, Wiuf, Carsten & Albrechtsen, Anders, 2022, I: Genetics. 222, 4, 15 s., iyac148.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Estimation of the covariance structure from SNP allele frequencies
van Waaij, J., Li, Z. & Wiuf, Carsten, 2022, I: Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. 21, 1, 20 s., 20220005.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast reactions with non-interacting species in stochastic reaction networks
Hoessly, Linard David & Wiuf, Carsten, 2022, I: Mathematical Biosciences and Engineering. 19, 3, s. 2720-2749Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Parchment Glutamine Index (PQI): A novel method to estimate glutamine deamidation levels in parchment collagen obtained from low-quality MALDI-TOF data
Anila Bhuvanendran Nair, Bharath, Palomo, I. R., Markussen, Bo, Wiuf, Carsten, Fiddyment, S. & Collins, Matthew James, 2022, bioRxiv, 18 s.Publikation: Working paper › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quasi-steady state and singular perturbation reduction for reaction networks with non-interacting species
Feliu, Elisenda, Lax, C., Walcher, S. & Wiuf, Carsten, 2022, I: SIAM Journal on Applied Dynamical Systems. 21, 2, s. 782–816Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural classification of continuous time Markov chains with applications
Xu, C., Hansen, M. C. & Wiuf, Carsten, 2022, I: Stochastics. 94, 7, s. 1003-1030Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Coalescent models derived from birth–death processes
Crespo, F. F., Posada, D. & Wiuf, Carsten, 2021, I: Theoretical Population Biology. 142, s. 1-11Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The dynamics of stochastic mono-molecular reaction systems in stochastic environments
Cappelletti, D., Pal Majumder, A. & Wiuf, Carsten, 2021, I: Stochastic Processes and Their Applications. 137, s. 106-148Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Existence of a unique quasi-stationary distribution in stochastic reaction networks
Christian Hansen, M. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2020, I: Electronic Journal of Probability. 25, 30 s., 45.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A proof of unlimited multistability for phosphorylation cycles
Feliu, Elisenda, Rendall, A. D. & Wiuf, Carsten, 2020, I: Nonlinearity. 33, s. 5629–5658Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Addition of flow reactions preserving multistationarity and bistability
Cappelletti, D., Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2020, I: Mathematical Biosciences. 320, 8 s., 108295.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of hidden population structure in time-scaled phylogenies
Volz, E. M., Wiuf, Carsten, Grad, Y. H., Frost, S. D. W., Dennis, A. M. & Didelot, X., 2020, I: Systematic Biology. 69, 5, s. 884-896Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Stationary distributions of systems with discreteness-induced transitions
Bibbona, E., Kim, J. & Wiuf, Carsten, 2020, I: Journal of the Royal Society Interface. 17, 168, 11 s., 20200243.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
A Reaction Network Scheme Which Implements Inference and Learning for Hidden Markov Models
Singh, A., Wiuf, Carsten, Behera, A. & Gopalkrishnan, M., 2019, DNA Computing and Molecular Programming - 25th International Conference, DNA 25, Proceedings. Liu, Y. & Thachuk, C. (red.). Springer, s. 54-79 26 s. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), Bind 11648 LNCS).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
General theory for stochastic admixture graphs and F-statistics
Soraggi, S. & Wiuf, Carsten, 2019, I: Theoretical Population Biology. 125, s. 56-66 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Linear elimination in chemical reaction networks
Sáez, M., Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2019, Recent Advances in Differential Equations and Applications. Guirao, J. L. G., Hernández, J. A. M. & Esparza, F. P. (red.). Springer, s. 177-193 17 s. (SEMA SIMAI Springer Series, Bind 18).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Nonnegative linear elimination for chemical reaction networks
Sáez, M., Wiuf, Carsten & Feliu, Elisenda, 2019, I: SIAM Journal on Applied Mathematics. 79, 6, s. 2434-2455Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Graphical criteria for positive solutions to linear systems
Saez, M., Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 1 sep. 2018, I: Linear Algebra and Its Applications. 552, s. 166-193Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Node balanced steady states: Unifying and generalizing complex and detailed balanced steady states
Feliu, Elisenda, Cappelletti, D. & Wiuf, Carsten, jul. 2018, I: Mathematical Biosciences. 301, s. 68-82Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Some properties of the conditioned reconstructed process with Bernoulli sampling
Wiuf, Carsten, jul. 2018, I: Theoretical Population Biology. 122, s. 36-45 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
On the Liouville integrability of Edelstein's reaction system in R3
Ferragut, A., Valls, C. & Wiuf, Carsten, 1 mar. 2018, I: Chaos, Solitons and Fractals. 108, s. 129-135 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Powerful Inference With the D-Statistic on Low-Coverage Whole-Genome Data
Soraggi, S., Wiuf, Carsten & Albrechtsen, Anders, 2018, I: G3: Genes, Genomes, Genetics (Bethesda). 8, 2, s. 551-566Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Identifying parameter regions for multistationarity
Conradi, C., Feliu, Elisenda, Mincheva, M. & Wiuf, Carsten, 13 aug. 2017, I: P L o S Computational Biology (Online). 13, 10, 25 s., e1005751.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
epiG: statistical inference and profiling of DNA methylation from whole-genome bisulfite sequencing data
Vincent, M., Mundbjerg, K., Pedersen, J. S., Liang, G., Jones, P. A., Orntoft, T. F., Sorensen, K. D. & Wiuf, Carsten, 21 feb. 2017, I: Genome Biology (Online Edition). 18, 38.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conservation Laws in Biochemical Reaction Networks
Mahdi, A., Ferragut, A., Valls, C. & Wiuf, Carsten, 2017, I: S I A M Journal on Applied Dynamical Systems. 16, 4, s. 2213-2232Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Graphical reduction of reaction networks by linear elimination of species
Saez Cornellana, M., Wiuf, Carsten & Feliu, Elisenda, 2017, I: Journal of Mathematical Biology. 74, 1, s. 195–237Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intermediates and Generic Convergence to Equilibria
Marcondes de Freitas, M., Wiuf, Carsten & Feliu, Elisenda, 2017, I: Bulletin of Mathematical Biology. 79, 7, s. 1662–1686Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Intermediates, Catalysts, Persistence, and Boundary Steady States
Marcondes de Freitas, M., Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2017, I: Journal of Mathematical Biology. 74, 4, s. 887–932Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uniform Approximation of Solutions by Elimination of Intermediate Species in Deterministic Reaction Networks
Cappelletti, D. & Wiuf, Carsten, 2017, I: S I A M Journal on Applied Dynamical Systems. 16, 4, s. 2259-2286Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Elimination of intermediate species in multiscale stochastic reaction networks
Cappelletti, D. & Wiuf, Carsten, 1 okt. 2016, I: Annals of Applied Probability. 26, 5, s. 2915-2958 44 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Core signalling motif displaying multistability through multi-state enzymes
Feng, S., Saez Cornellana, M., Wiuf, Carsten, Feliu, Elisenda & Soyer, O. S., okt. 2016, I: Journal of the Royal Society. Interface. 13, 123, 20160524.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
LandScape: a simple method to aggregate p-values and other stochastic variables without a priori grouping
Wiuf, Carsten, Pallesen, J. S., Foldager, L. & Grove, J., aug. 2016, I: Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. 15, 4, s. 349-361Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Challenges in microbial ecology: building predictive understanding of community function and dynamics
Widder, S., Allen, R. J., Pfeiffer, T., Curtis, T. P., Wiuf, C. H., Sloan, W. T., Cordero, O. X., Brown, S. P., Momeni, B., Shou, W., Kettle, H., Flint, H. J., Haas, A. F., Laroche, B., Kreft, J-U., Rainey, P. B., Freilich, S., Schuster, S., Milferstedt, K., van der Meer, J. R. & 10 flere, , 2016, I: I S M E Journal. 10, 11, s. 2557-2568 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Product-Form Poisson-Like Distributions and Complex Balanced Reaction Systems
Cappelletti, D. & Wiuf, Carsten, 2016, I: S I A M Journal on Applied Mathematics. 76, 1, s. 411-432Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Phosphorelay of non-orthodox two component systems functions through a bi-molecular mechanism in vivo: the case of ArcB
Jovanovic, G., Sheng, X., Ale, A., Feliu, Elisenda, Harrington, H. A., Kirk, P., Wiuf, Carsten, Buck, M. & Stumpf, M. P. H., 23 mar. 2015, I: Molecular BioSystems. 11, s. 1348-1359Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Finding the positive feedback loops underlying multi-stationarity
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2015, I: B M C Systems Biology. 9, 22.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lyapunov Functions, Stationary Distributions, and Non-equilibrium Potential for Reaction Networks
Anderson, D. F., Craciun, G., Gopalkrishnan , M. & Wiuf, Carsten, 2015, I: Bulletin of Mathematical Biology. 77, 9, s. 1744-1767Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Genome-wide study of association and interaction with maternal cytomegalovirus infection suggests new schizophrenia loci
Børglum, A. D., Demontis, D., Grove, J., Pallesen, J., Hollegaard, M. V., Pedersen, C. B., Hedemand, A., Mattheisen, M., Uitterlinden, A., Nyegaard, M., Ørntoft, T., Wiuf, C. H., Didriksen, M., Nordentoft, M., Nöthen, M. M., Rietschel, M., Ophoff, R. A., Cichon, S., Yolken, R. H., Hougaard, D. M. & 3 flere, , mar. 2014, I: Molecular Psychiatry. 19, 3, s. 325-333 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Large scale identification and categorization of protein sequences using structured logistic regression
Pedersen, B. P., Ifrim, G., Liboriussen, P., Axelsen, K. B., Palmgren, Michael, Nissen, P., Wiuf, Carsten & Pedersen, C. N. S., 20 jan. 2014, I: PLOS ONE. 9, 1, 11 s., e85139.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
Power-Law Kinetics and Determinant Criteria for the Preclusion of Multistationarity in Networks of Interacting Species
Wiuf, Carsten & Feliu, Elisenda, 16 okt. 2013, I: S I A M Journal on Applied Dynamical Systems. 12, 4, s. 1685-1721 37 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cellular compartments cause multistability and allow cells to process more information
Harrington, H. A., Feliu, Elisenda, Wiuf, Carsten & Stumpf, M. P. H., 16 apr. 2013, I: Biophysical Journal. 104, 8, s. 1824-1831 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A computational method to preclude multistationarity in networks of interacting species
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2013, I: Bioinformatics. 29, 18, s. 2327-2334Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphorelays provide tunable signal processing capabilities for the cell
Kothamachu, V. B., Feliu, Elisenda, Wiuf, Carsten, Cardelli, L. & Soyer, O. S., 2013, I: P L o S Computational Biology (Online). 9, 11, s. e1003322Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simplifying biochemical models with intermediate species
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2013, I: Journal of the Royal Society. Interface. 10, 87, s. 20130484Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Variable elimination in post-translational modification reaction networks with mass-action kinetics
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2013, I: Journal of Mathematical Biology. 66, 1-2, s. 281-310Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Preclusion of switch behavior in networks with mass-action kinetics
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 1 nov. 2012, I: Applied Mathematics and Computation. 219, 4, s. 1449-1467 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A bimodular mechanism of calcium control in eukaryotes
Tidow, H., Poulsen, L. R., Andreeva, A., Knudsen, M., Hein, K. L., Wiuf, Carsten, Palmgren, Michael & Nissen, P., 2012, I: Nature. 491, 7424, s. 468–472 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An algebraic approach to signaling cascades with N layers
Feliu, Elisenda, Knudsen, M., Andersen, L. N. & Wiuf, Carsten, 2012, I: Bulletin of Mathematical Biology. 74, 1, s. 45-72 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Association between genetic variation in a region on chromosome 11 and schizophrenia in large samples from Europe
Rietschel, M., Mattheisen, M., Degenhardt, F., Kahn, R. S., Linszen, D. H., Os, J. V., Wiersma, D., Bruggeman, R., Cahn, W., de Haan, L., Krabbendam, L., Myin-Germeys, I., Mühleisen, T. W., Kirsch, P., Esslinger, C., Herms, S., Demontis, D., Steffens, M., Strohmaier, J., Haenisch, B. & 82 flere, , 2012, I: Molecular Psychiatry. 17, 9, s. 906-917 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enzyme-sharing as a cause of multi-stationarity in signalling systems
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2012, I: Journal of the Royal Society. Interface. 9, 71, s. 1224-1232 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Exact analysis of intrinsic qualitative features of phosphorelays using mathematical models
Knudsen, M., Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2012, I: Journal of Theoretical Biology. 300, s. 7-18 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Gene expression classifier predicts for hypoxic modification of radiotherapy with nimorazole in squamous cell carcinomas of the head and neck
Toustrup, K., Sørensen, B. S., Lassen, P., Wiuf, Carsten, Alsner, J. & Overgaard, J., 2012, I: Radiotherapy & Oncology. 102, 1, s. 122-129 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Modelling the contribution of family history and variation in single nucleotide polymorphisms to risk of schizophrenia: a Danish national birth cohort-based study
Agerbo, E., Mortensen, P. B., Wiuf, Carsten, Pedersen, M. S., McGrath, J., Hollegaard, M. V., Nørgaard-Pedersen, B., Hougaard, D. M., Mors, O. & Pedersen, C. B., 2012, I: Schizophrenia Research. 134, 2-3, s. 246-252 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Signaling cascades: consequences of varying substrate and phosphatase levels
Feliu, Elisenda, Knudsen, M. & Wiuf, Carsten, 2012, I: Advances in Experimental Medicine and Biology. 736, s. 81-94 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Variable elimination in chemical reaction networks with mass-action kinetics
Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2012, I: S I A M Journal on Applied Mathematics. 72, 4, s. 959–981 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
Utilization of computer science for construction and characterization of DNA nano-structures
Andersen, F. F., Villesen, P., Knudsen, B., Wiuf, Carsten, Desideri, A. & Knudsen, B. R., 1 dec. 2011, DNA Microarrays, Synthesis and Synthetic DNA. Nova Science Publishers, s. 317-330 14 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
Tumor-specific usage of alternative transcription start sites in colorectal cancer identified by genome-wide exon array analysis
Thorsen, K., Schepeler, T., Øster, B., Rasmussen, M. H., Vang, S., Wang, K., Hansen, K. Q., Lamy, P., Pedersen, J. S., Eller, A., Mansilla, F., Laurila, K., Wiuf, Carsten, Laurberg, S., Dyrskjøt, L., Ørntoft, T. F. & Andersen, C. L., 14 okt. 2011, I: BMC Genomics. 12, 505.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Bounded coordinate-descent for biological sequence classification in high dimensional predictor space
Ifrim, G. & Wiuf, Carsten, 16 sep. 2011, Proceedings of the 17th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, KDD'11. s. 708-716 9 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
Algebraic Statistics and Methods in Systems Biology
Wiuf, Carsten, 12 sep. 2011, Handbook of Statistical Systems Biology. Wiley, s. 114-132 19 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
Comprehensive genome methylation analysis in bladder cancer: Identification and validation of novel methylated genes and application of these as urinary tumor markers
Reinert, T., Modin, C., Castano, F. M., Lamy, P., Wojdacz, T. K., Hansen, L. L., Wiuf, Carsten, Borre, M., Dyrskjøt, L. & Ørntoft, T. F., 1 sep. 2011, I: Clinical Cancer Research. 17, 17, s. 5582-5592 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Development of a hypoxia gene expression classifier with predictive impact for hypoxic modification of radiotherapy in head and neck cancer
Toustrup, K., Sørensen, B. S., Nordsmark, M., Busk, M., Wiuf, Carsten, Alsner, J. & Overgaard, J., 1 sep. 2011, I: Cancer Research. 71, 17, s. 5923-5931 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A Beta-mixture model for dimensionality reduction, sample classification and analysis
Laurila, K., Oster, B., Andersen, C. L., Lamy, P., Orntoft, T., Yli-Harja, O. & Wiuf, Carsten, 27 maj 2011, I: BMC Bioinformatics. 12, 215.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
An algebro-topological description of protein domain structure
Penner, R. C., Knudsen, M., Wiuf, Carsten & Andersen, J. E., 27 maj 2011, I: PLoS ONE. 6, 5, e19670.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
High-resolution melting analysis for mutation screening of RGSL1, RGS16, and RGS8 in breast cancer
Wiechec, E., Wiuf, Carsten, Overgaard, J. & Hansen, L. L., 1 feb. 2011, I: Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 20, 2, s. 397-407 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Rseg-an R package to optimize segmentation of SNP array data
Lamy, P., Wiuf, Carsten, Ørntoft, T. F. & Andersen, C. L., 1 feb. 2011, I: Bioinformatics. 27, 3, s. 419-420 2 s., btq668.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A review of software for microarray genotyping
Lamy, P., Grove, J. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2011, I: Human Genomics. 5, 4, s. 304-309 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
Tumor heterogeneity in neoplasms of breast, colon, and skin
Li, J., Wang, K., Jensen, T. D., Li, S., Bolund, L. & Wiuf, Carsten, 29 nov. 2010, I: BMC Research Notes. 3, 321.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Incomplete and noisy network data as a percolation process
Stumpf, M. P. H. & Wiuf, Carsten, 6 okt. 2010, I: Journal of the Royal Society Interface. 7, 51, s. 1411-1419 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
Fatgraph models of proteins
Penner, R. C., Knudsen, M., Wiuf, Carsten & Andersen, J. E., 1 okt. 2010, I: Communications on Pure and Applied Mathematics. 63, 10, s. 1249-1297 49 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The Coalescent of Bacterial Populations
Schierup, M. H. & Wiuf, Carsten, 9 apr. 2010, Bacterial Population Genetics in Infectious Disease. Wiley, s. 1-18 18 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
Reply to Robert et al. Model criticism informs model choice and model comparison
Ratmann, O., Andrieu, C., Wiuf, Carsten & Richardson, S., 19 jan. 2010, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 3Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
Short tandem repeats and genetic variation
Madsen, B. E., Villesen, P. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2010, Genetic Variation: Methods and Protocols. Humana Press, s. 297-306 10 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 628).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
The CATH database.
Knudsen, M. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2010, I: Human Genomics. 4, 3, s. 207-212 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
Quality assessment of DNA derived from up to 30 years old formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue for PCR-based methylation analysis using SMART-MSP and MS-HRM
Kristensen, L. S., Wojdacz, T. K., Thestrup, B. B., Wiuf, Carsten, Hager, H. & Hansen, L. L., 21 dec. 2009, I: BMC Cancer. 9, 453.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Temporal development and collapse of an Arctic plant-pollinator network
Pradal, C., Olesen, J. M. & Wiuf, Carsten, 1 dec. 2009, I: BMC Ecology. 9, 24.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
From evidence to inference: Probing the evolution of protein interaction networks
Ratmann, O., Wiuf, Carsten & Pinney, J. W., 1 okt. 2009, I: HFSP Journal. 3, 5, s. 290-306 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Methods for derivation of LOH and allelic copy numbers using SNP arrays
Wiuf, Carsten, Lamy, P. & Andersen, C. L., 1 sep. 2009, Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research. Oxford University Press, Bind 9780199532872.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
Preface
Andersen, C. L. & Wiuf, Carsten, 1 sep. 2009, Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research. Oxford University PressPublikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Forord/efterskrift › Forskning
Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research
Wiuf, Carsten & Andersen, C. L., 1 sep. 2009, Oxford University Press. 208 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt
Genome-wide scans using archived neonatal dried blood spot samples
Hollegaard, M. V., Grauholm, J., Børglum, A., Nyegaard, M., Nørgaard-Pedersen, B., Ørntoft, T., Mortensen, P. B., Wiuf, Carsten, Mors, O., Didriksen, M., Thorsen, P. & Hougaard, D. M., 4 jul. 2009, I: BMC Genomics. 10, 297.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Model criticism based on likelihood-free inference, with an application to protein network evolution
Ratmann, O., Andrieu, C., Wiuf, Carsten & Richardson, S., 30 jun. 2009, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106, 26, s. 10576-10581 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The genealogy, site frequency spectrum and ages of two nested mutant alleles
Hobolth, A. & Wiuf, Carsten, 1 jun. 2009, I: Theoretical Population Biology. 75, 4, s. 260-265 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Chromosomal imbalance in the progression of high-risk non-muscle invasive bladder cancer
Zieger, K., Wiuf, Carsten, Jensen, K. M. E., Ørntoft, T. & Dyrskjøt, L., 16 maj 2009, I: BMC Cancer. 9, 149.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Estimation of tumor heterogeneity using CGH array data
Wang, K., Li, J., Li, S., Bolund, L. & Wiuf, Carsten, 9 jan. 2009, I: BMC Bioinformatics. 10, 12.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Evolutionary analysis of protein interaction networks
Wiuf, Carsten & Ratmann, O., 1 jan. 2009, Statistical and Evolutionary Analysis of Biological Networks. Imperial College Press, s. 17-43 27 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
Statistical and evolutionary analysis of biological networks
Stumpf, M. P. H. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2009, Imperial College Press. 170 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Bog › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
Clonal evolution in t(14;18)-positive follicular lymphoma, evidence for multiple common pathways, and frequent parallel clonal evolution
D'Amore, F., Chan, E., Iqbal, J., Geng, H., Young, K., Xiao, L., Hess, M. M., Sanger, W. G., Smith, L., Wiuf, Carsten, Hagberg, O., Fu, K., Chan, W. C. & Dave, B. J., 15 nov. 2008, I: Clinical Cancer Research. 14, 22, s. 7180-7187 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Short tandem repeats in human exons: A target for disease mutations
Madsen, B. E., Villesen, P. & Wiuf, Carsten, 12 sep. 2008, I: BMC Genomics. 9, 410.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A Markov chain approach to randomly grown graphs
Knudsen, M. & Wiuf, Carsten, 9 jul. 2008, I: Journal of Applied Mathematics. 2008, 190836.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Germline mutation in RNASEL predicts increased risk of head and neck, uterine cervix and breast cancer
Madsen, B. E., Ramos, E. M., Boulard, M., Duda, K., Overgaard, J., Nordsmark, M., Wiuf, Carsten & Hansen, L. L., 25 jun. 2008, I: PLOS ONE. 3, 6, e2492.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The association between genetic variants in hMLH1 and hMSH2 and the development of sporadic colorectal cancer in the Danish population
Christensen, L. L., Madsen, B. E., Wikman, F. P., Wiuf, Carsten, Koed, K., Tjønneland, A., Olsen, A., Syvänen, A. C., Andersen, C. L. & Ørntoft, T. F., 11 jun. 2008, I: BMC Medical Genetics. 9, 52.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 36080139
Flest downloads
-
1287
downloads
Large scale identification and categorization of protein sequences using structured logistic regression
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
292
downloads
Graphical reduction of reaction networks by linear elimination of species
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
258
downloads
Identifying parameter regions for multistationarity
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet