Carsten Wiuf

Carsten Wiuf

Professor


  1. 2013
  2. Udgivet

    A computational method to preclude multistationarity in networks of interacting species

    Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2013, I: Bioinformatics. 29, 18, s. 2327-2334

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Phosphorelays provide tunable signal processing capabilities for the cell

    Kothamachu, V. B., Feliu, Elisenda, Wiuf, Carsten, Cardelli, L. & Soyer, O. S., 2013, I: P L o S Computational Biology (Online). 9, 11, s. e1003322

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Simplifying biochemical models with intermediate species

    Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2013, I: Journal of the Royal Society. Interface. 10, 87, s. 20130484

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Variable elimination in post-translational modification reaction networks with mass-action kinetics

    Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2013, I: Journal of Mathematical Biology. 66, 1-2, s. 281-310

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. 2012
  7. Udgivet

    Preclusion of switch behavior in networks with mass-action kinetics

    Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 1 nov. 2012, I: Applied Mathematics and Computation. 219, 4, s. 1449-1467 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    A bimodular mechanism of calcium control in eukaryotes

    Tidow, H., Poulsen, L. R., Andreeva, A., Knudsen, M., Hein, K. L., Wiuf, Carsten, Palmgren, Michael & Nissen, P., 2012, I: Nature. 491, 7424, s. 468–472 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    An algebraic approach to signaling cascades with N layers

    Feliu, Elisenda, Knudsen, M., Andersen, L. N. & Wiuf, Carsten, 2012, I: Bulletin of Mathematical Biology. 74, 1, s. 45-72 28 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Association between genetic variation in a region on chromosome 11 and schizophrenia in large samples from Europe

    Rietschel, M., Mattheisen, M., Degenhardt, F., Kahn, R. S., Linszen, D. H., Os, J. V., Wiersma, D., Bruggeman, R., Cahn, W., de Haan, L., Krabbendam, L., Myin-Germeys, I., Mühleisen, T. W., Kirsch, P., Esslinger, C., Herms, S., Demontis, D., Steffens, M., Strohmaier, J., Haenisch, B. & 82 flere, Breuer, R., Czerski, P. M., Giegling, I., Strengman, E., Schmael, C., Mors, O., Mortensen, P. B., Hougaard, D. M., Orntoft, T., Kapelski, P., Priebe, L., Basmanav, F. B., Forstner, A. J., Hoffmann, P. F. F., Meier, S., Nikitopoulos, J., Moebus, S., Alexander, M., Mössner, R., Wichmann, H., Schreiber, S., Rivandeneira, F., Hofman, A., Uitterlinden, A. G., Wienker, T. F., Schumacher, J., Hauser, J., Maier, W., Cantor, R., Erk, S., Schulze, T. G., Stefansson, H., Steinberg, S., Gustafsson, O., Sigurdsson, E., Petursson, H., Kong, A., Stefansson, K., Pietiläinen, O. P. H., Tuulio-Henriksson, A., Paunio, T., Lonnqvist, J., Suvisaari, J., Peltonen, L., Ruggeri, M., Tosato, S., Walshe, M., Murray, R., Collier, D. A., Clair, D. S., Hansen, T., Ingason, A., Jakobsen, K. D., Duong, L., Werge, T., Melle, I., Andreassen, O. A., Djurovic, S., Bitter, I., Réthelyi, J. M., Abramova, L., Kaleda, V., Golimbet, V., Jönsson, E. G., Terenius, L., Agartz, I., Winkel, R. V., Kenis, G., Hert, M. D., Veldink, J., Wiuf, Carsten, Didriksen, M., Craddock, N., Owen, M. J., O'Donovan, M. C., Børglum, A., Rujescu, D., Walter, H., Meyer-Lindenberg, A., Nöthen, M. M., Ophoff, R. A. & Cichon, S., 2012, I: Molecular Psychiatry. 17, 9, s. 906-917 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Enzyme-sharing as a cause of multi-stationarity in signalling systems

    Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2012, I: Journal of the Royal Society. Interface. 9, 71, s. 1224-1232 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Exact analysis of intrinsic qualitative features of phosphorelays using mathematical models

    Knudsen, M., Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2012, I: Journal of Theoretical Biology. 300, s. 7-18 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Gene expression classifier predicts for hypoxic modification of radiotherapy with nimorazole in squamous cell carcinomas of the head and neck

    Toustrup, K., Sørensen, B. S., Lassen, P., Wiuf, Carsten, Alsner, J. & Overgaard, J., 2012, I: Radiotherapy & Oncology. 102, 1, s. 122-129 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Modelling the contribution of family history and variation in single nucleotide polymorphisms to risk of schizophrenia: a Danish national birth cohort-based study

    Agerbo, E., Mortensen, P. B., Wiuf, Carsten, Pedersen, M. S., McGrath, J., Hollegaard, M. V., Nørgaard-Pedersen, B., Hougaard, D. M., Mors, O. & Pedersen, C. B., 2012, I: Schizophrenia Research. 134, 2-3, s. 246-252 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Signaling cascades: consequences of varying substrate and phosphatase levels

    Feliu, Elisenda, Knudsen, M. & Wiuf, Carsten, 2012, I: Advances in Experimental Medicine and Biology. 736, s. 81-94 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Variable elimination in chemical reaction networks with mass-action kinetics

    Feliu, Elisenda & Wiuf, Carsten, 2012, I: S I A M Journal on Applied Mathematics. 72, 4, s. 959–981 23 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. 2011
  18. Utilization of computer science for construction and characterization of DNA nano-structures

    Andersen, F. F., Villesen, P., Knudsen, B., Wiuf, Carsten, Desideri, A. & Knudsen, B. R., 1 dec. 2011, DNA Microarrays, Synthesis and Synthetic DNA. Nova Science Publishers, s. 317-330 14 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  19. Tumor-specific usage of alternative transcription start sites in colorectal cancer identified by genome-wide exon array analysis

    Thorsen, K., Schepeler, T., Øster, B., Rasmussen, M. H., Vang, S., Wang, K., Hansen, K. Q., Lamy, P., Pedersen, J. S., Eller, A., Mansilla, F., Laurila, K., Wiuf, Carsten, Laurberg, S., Dyrskjøt, L., Ørntoft, T. F. & Andersen, C. L., 14 okt. 2011, I: BMC Genomics. 12, 505.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Bounded coordinate-descent for biological sequence classification in high dimensional predictor space

    Ifrim, G. & Wiuf, Carsten, 16 sep. 2011, Proceedings of the 17th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, KDD'11. s. 708-716 9 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  21. Algebraic Statistics and Methods in Systems Biology

    Wiuf, Carsten, 12 sep. 2011, Handbook of Statistical Systems Biology. Wiley, s. 114-132 19 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  22. Comprehensive genome methylation analysis in bladder cancer: Identification and validation of novel methylated genes and application of these as urinary tumor markers

    Reinert, T., Modin, C., Castano, F. M., Lamy, P., Wojdacz, T. K., Hansen, L. L., Wiuf, Carsten, Borre, M., Dyrskjøt, L. & Ørntoft, T. F., 1 sep. 2011, I: Clinical Cancer Research. 17, 17, s. 5582-5592 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Development of a hypoxia gene expression classifier with predictive impact for hypoxic modification of radiotherapy in head and neck cancer

    Toustrup, K., Sørensen, B. S., Nordsmark, M., Busk, M., Wiuf, Carsten, Alsner, J. & Overgaard, J., 1 sep. 2011, I: Cancer Research. 71, 17, s. 5923-5931 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. A Beta-mixture model for dimensionality reduction, sample classification and analysis

    Laurila, K., Oster, B., Andersen, C. L., Lamy, P., Orntoft, T., Yli-Harja, O. & Wiuf, Carsten, 27 maj 2011, I: BMC Bioinformatics. 12, 215.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. An algebro-topological description of protein domain structure

    Penner, R. C., Knudsen, M., Wiuf, Carsten & Andersen, J. E., 27 maj 2011, I: PLoS ONE. 6, 5, e19670.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. High-resolution melting analysis for mutation screening of RGSL1, RGS16, and RGS8 in breast cancer

    Wiechec, E., Wiuf, Carsten, Overgaard, J. & Hansen, L. L., 1 feb. 2011, I: Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention. 20, 2, s. 397-407 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Rseg-an R package to optimize segmentation of SNP array data

    Lamy, P., Wiuf, Carsten, Ørntoft, T. F. & Andersen, C. L., 1 feb. 2011, I: Bioinformatics. 27, 3, s. 419-420 2 s., btq668.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. A review of software for microarray genotyping

    Lamy, P., Grove, J. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2011, I: Human Genomics. 5, 4, s. 304-309 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  29. 2010
  30. Tumor heterogeneity in neoplasms of breast, colon, and skin

    Li, J., Wang, K., Jensen, T. D., Li, S., Bolund, L. & Wiuf, Carsten, 29 nov. 2010, I: BMC Research Notes. 3, 321.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Incomplete and noisy network data as a percolation process

    Stumpf, M. P. H. & Wiuf, Carsten, 6 okt. 2010, I: Journal of the Royal Society Interface. 7, 51, s. 1411-1419 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  32. Fatgraph models of proteins

    Penner, R. C., Knudsen, M., Wiuf, Carsten & Andersen, J. E., 1 okt. 2010, I: Communications on Pure and Applied Mathematics. 63, 10, s. 1249-1297 49 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. The Coalescent of Bacterial Populations

    Schierup, M. H. & Wiuf, Carsten, 9 apr. 2010, Bacterial Population Genetics in Infectious Disease. Wiley, s. 1-18 18 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  34. Reply to Robert et al. Model criticism informs model choice and model comparison

    Ratmann, O., Andrieu, C., Wiuf, Carsten & Richardson, S., 19 jan. 2010, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 3

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  35. Short tandem repeats and genetic variation

    Madsen, B. E., Villesen, P. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2010, Genetic Variation: Methods and Protocols. Humana Press, s. 297-306 10 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 628).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  36. The CATH database.

    Knudsen, M. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2010, I: Human Genomics. 4, 3, s. 207-212 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. 2009
  38. Quality assessment of DNA derived from up to 30 years old formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue for PCR-based methylation analysis using SMART-MSP and MS-HRM

    Kristensen, L. S., Wojdacz, T. K., Thestrup, B. B., Wiuf, Carsten, Hager, H. & Hansen, L. L., 21 dec. 2009, I: BMC Cancer. 9, 453.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Temporal development and collapse of an Arctic plant-pollinator network

    Pradal, C., Olesen, J. M. & Wiuf, Carsten, 1 dec. 2009, I: BMC Ecology. 9, 24.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. From evidence to inference: Probing the evolution of protein interaction networks

    Ratmann, O., Wiuf, Carsten & Pinney, J. W., 1 okt. 2009, I: HFSP Journal. 3, 5, s. 290-306 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Methods for derivation of LOH and allelic copy numbers using SNP arrays

    Wiuf, Carsten, Lamy, P. & Andersen, C. L., 1 sep. 2009, Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research. Oxford University Press, Bind 9780199532872.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  42. Preface

    Andersen, C. L. & Wiuf, Carsten, 1 sep. 2009, Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research. Oxford University Press

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportForord/efterskriftForskning

  43. Statistics and Informatics in Molecular Cancer Research

    Wiuf, Carsten & Andersen, C. L., 1 sep. 2009, Oxford University Press. 208 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportBogForskningfagfællebedømt

  44. Genome-wide scans using archived neonatal dried blood spot samples

    Hollegaard, M. V., Grauholm, J., Børglum, A., Nyegaard, M., Nørgaard-Pedersen, B., Ørntoft, T., Mortensen, P. B., Wiuf, Carsten, Mors, O., Didriksen, M., Thorsen, P. & Hougaard, D. M., 4 jul. 2009, I: BMC Genomics. 10, 297.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Model criticism based on likelihood-free inference, with an application to protein network evolution

    Ratmann, O., Andrieu, C., Wiuf, Carsten & Richardson, S., 30 jun. 2009, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106, 26, s. 10576-10581 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. The genealogy, site frequency spectrum and ages of two nested mutant alleles

    Hobolth, A. & Wiuf, Carsten, 1 jun. 2009, I: Theoretical Population Biology. 75, 4, s. 260-265 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Chromosomal imbalance in the progression of high-risk non-muscle invasive bladder cancer

    Zieger, K., Wiuf, Carsten, Jensen, K. M. E., Ørntoft, T. & Dyrskjøt, L., 16 maj 2009, I: BMC Cancer. 9, 149.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Estimation of tumor heterogeneity using CGH array data

    Wang, K., Li, J., Li, S., Bolund, L. & Wiuf, Carsten, 9 jan. 2009, I: BMC Bioinformatics. 10, 12.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Evolutionary analysis of protein interaction networks

    Wiuf, Carsten & Ratmann, O., 1 jan. 2009, Statistical and Evolutionary Analysis of Biological Networks. Imperial College Press, s. 17-43 27 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  50. Statistical and evolutionary analysis of biological networks

    Stumpf, M. P. H. & Wiuf, Carsten, 1 jan. 2009, Imperial College Press. 170 s.

    Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapportBogForskningfagfællebedømt

  51. 2008
  52. Clonal evolution in t(14;18)-positive follicular lymphoma, evidence for multiple common pathways, and frequent parallel clonal evolution

    D'Amore, F., Chan, E., Iqbal, J., Geng, H., Young, K., Xiao, L., Hess, M. M., Sanger, W. G., Smith, L., Wiuf, Carsten, Hagberg, O., Fu, K., Chan, W. C. & Dave, B. J., 15 nov. 2008, I: Clinical Cancer Research. 14, 22, s. 7180-7187 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  53. Short tandem repeats in human exons: A target for disease mutations

    Madsen, B. E., Villesen, P. & Wiuf, Carsten, 12 sep. 2008, I: BMC Genomics. 9, 410.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  54. A Markov chain approach to randomly grown graphs

    Knudsen, M. & Wiuf, Carsten, 9 jul. 2008, I: Journal of Applied Mathematics. 2008, 190836.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  55. Germline mutation in RNASEL predicts increased risk of head and neck, uterine cervix and breast cancer

    Madsen, B. E., Ramos, E. M., Boulard, M., Duda, K., Overgaard, J., Nordsmark, M., Wiuf, Carsten & Hansen, L. L., 25 jun. 2008, I: PLOS ONE. 3, 6, e2492.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  56. The association between genetic variants in hMLH1 and hMSH2 and the development of sporadic colorectal cancer in the Danish population

    Christensen, L. L., Madsen, B. E., Wikman, F. P., Wiuf, Carsten, Koed, K., Tjønneland, A., Olsen, A., Syvänen, A. C., Andersen, C. L. & Ørntoft, T. F., 11 jun. 2008, I: BMC Medical Genetics. 9, 52.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 36080139